取り込み後に SONAR キャリブレーションファイルを作成する方法 - WKB202040

目的または目標

Skyline などのサードパーティ製ソフトウェアでデータを読み取り、解析するための SONAR キャリブレーションファイル (_sonar.inf) を手動で作成する。

環境

• Windows 7 Professional 64 ビット版 SP1

• Windows 10 Enterprise LTSB 2016

• SYNAPT XS

• Xevo G2-XS

• MassLynx 4.1（Xevo G2-XS のみ）

• MassLynx 4.2

• Apex3D（PLGS、Progenesis QI for proteomics、DriftScope と共に配布）

• Skyline

手順

1. SONAR 取り込みの四重極キャリブレーションは、.raw サンプルフォルダーに常駐する _sonar.inf ファイルに保存されます。下図には、キャリブレーションファイルの場所（左）とその内容（右にある。メモ帳などのテキストエディターで読み取り）を示しています。

2. 提供されている _sonar.inf テンプレートのコピーを作成し（リンクをクリックして添付ファイルをダウンロード）、［SONAR#1］セクションの最初の 4 行を手動で更新します。この情報は、SONAR 取り込みメソッドの作成に使用した MassLynx メソッドエディターから取得できます。
3. ピークは Apex3D（PLGS、Progenesis QI for proteomics、および DriftScope と共に配布。コマンドラインまたはバッチファイルから実行）を使用して、以下に示す引数の例の 1 つを用いてデータを検出します。バッチファイルの例 (SONARcalibration.bat) も、この記事の添付ファイルセクションにあります。反転表示されているパスおよび引数は、テキストエディターを使用して更新する必要があります。変更が完了したら、ファイルを保存し、ダブルクリックして実行します。

…\lib\Apex3D64.exe -pRawDirName …\filename.raw -outputDirName …\outputfolder -outputUserDirName …\outputfolder -lockMassZ2 785.8426 -lockmassToleranceAMU 0.25 -writeBinary 0 -bCSVOutput 1 -leThresholdCounts xyz -startingRTMin xyz -endingRTMin xyz -function 1  

…\lib\Apex3D64.exe -pRawDirName …\filename.raw -outputDirName …\outputfolder -outputUserDirName …\outputfolder -lockMassZ1 556.2771 -lockmassToleranceAMU 0.25 -writeBinary 0 -bCSVOutput 1 -leThresholdCounts xyz -startingRTMin xyz -endingRTMin xyz -function 1

パスを更新し、ラベル付き引数の名前および/またはデータファイル固有の値を指定します。

4. このプロセスにより、検出感度を超える指定された保持範囲全体のピーク検出データが含まれている filename_Apex3DIons.csv ファイルが作成されます。

5. Excel でファイルを開き、x 軸の m/z と y 軸のモビリティ、atDrift1Start、atDriftStop で分散図を作成します。モビリティは、分離ウィンドウの中心、および端の atDrift1Start と atDriftStop をそれぞれ表します。下図に例が示されています。

6. 示されているように、チャートに線形トレンドラインを追加し、式を表示します。

7. 少なくとも 2 つ以上の m/z x データポイントに対して計算します。データポイントは、理想的には SONAR の四重極スキャンウィンドウの開始と終了（この例では、m/z 400 と m/z 900、および 3 つの式に対応する y 軸の値）です。この例では、四重極分離ウィンドウの中心を表すキャリブレーションの場合、m/z 400 は 0.4014*400 - 159.18 = 1.37 です。ほかの 2 つの検量線からの情報を含めて、[SONAR#1] セクションの次のラインが作成されます：Calibration=400,-5.83,1.37,9.59

8. [SONAR＃1] セクションの最後のキャリブレーション情報を更新し、以下のような結果が表示されたら、_sonar.inf ファイルを保存します。

9. 作成した _sonar.inf を実験全体のすべての .raw データファイルフォルダーに配布/コピーします。個々のファイルのキャリブレーションは必要ありません。

追加情報

注：記載されている手動手順は、同じ LE および EE スキャン範囲とスキャン時間での SONAR 取り込みを目的としています。

バッチファイルで使用されるコマンドの用語集：