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OpenLynx で MaxEnt を使用してファイルを解析およびレポートする方法 - WKB3138

Article number: 3138To English version

目的または目標

取り込みの直後または解析後分析中に、OpenLynx を使用してサンプルを自動解析し、最大エントロピープログラムを適用してスペクトルをデコンボリューションする。デコンボリューション済みのスペクトルとデータを OpenLynx/OALogin レポートでレポートする

環境

  • MassLynx
  • OpenLynx
  • OALogin
  • MaxEnt I、MaxEnt II、MaxEnt III

手順

  1. 解析 PC で MaxEnt が有効になっていることを確認します(記事 MassLynx で MaxEnt が有効になっているかを確認する方法 - WKB3140)。
  2. データの解析
  3. OpenLynx > SetUp(OpenLynx > セットアップ)で OpenLynx メソッドを開きます。
  4. View > Options (表示 > オプション)に移動し、解析オプション MaxEnt を選択します。
  5. MS Process(MS 解析)タブをクリックしてから、MaxEnt をクリックします。
  6. Do MaxEnt(MaxEnt を行う)チェックボックスが選択されていることを確認します。
  7. 使用可能なパラメーターを必要に応じて編集します。
    [Mass Range](質量範囲):取り込んだスペクトル内の、解析するデータの範囲を指定します。
    [Output Mass](出力質量):ソフトウェアがデコンボリューションした質量を検索する質量範囲を定義します。
    [Range Around Specified Mass](指定された質量の許容範囲):解析中のログ(サンプルリストまたは OALogin)で指定された質量が必要です。これにより、OpenLynx により HIT または MISS 結果が生成されます。
    [Output Mass Resolution](出力質量分解能):ソフトウェアが解析後にデコンボリューションしたスペクトルで達成する、目標スペクトル分解能。
    [Output Mass Range](出力質量範囲):ターゲット化合物の質量が不明な場合は、この範囲を使用します。質量をコロンで区切ります(例:3000:9000)。この値を使用すると、HIT または MISS 結果はありませんが、「not searched」(検索されませんでした)の色が表示されます。
    [Damage Model](ダメージモデル):デフォルト設定では、Uniform Gaussian(均一・ガウス)を使用して、Width at Half Height(半分の高さでの幅)をスペクトルピークのおおよそのピーク幅に設定します(ピークはコンティナムモードで取り込む必要があることを忘れないでください)。
    [Completion Options](完了オプション):[Maximum iterations](最大繰り返し回数) - 通常、解析時間を長くすることなく適切なスペクトルを取得するには、20 回で十分です。
    [Minimum Intensity Ratios](最小強度比率):デコンボリューションの計算に含まれるための、一連の隣接ピークの最小高さ。適切な値は通常 33% です。
  8. 解析済みのスペクトルを保存ボックスにチェックを入れます。
  9. OLP ファイルを保存します。
  10. このメソッドでデータファイルを解析すると、デコンボリューションされたスペクトルが自動的に生成されます。
  11. データのレビューとレポート
  12. デコンボリューションされたスペクトルを表示するには、OpenLynx ブラウザーで結果ファイルを開き、[View](表示) > [Options](オプション)に移動します 
  13. [Spectrum](スペクトル)タブで、Default range to data(データの既定の範囲)チェックボックスをオンにします。この選択をしないと、解析されたデータではなく、取り込まれたデータのみが表示されます。

注:OpenLynx メソッドは、OALogin を介して自動的に解析する OpenLynx メソッドを使用する前に、サンプルリストから生データファイルを解析することによってテストできます。

注:場合によっては、未知試料を解析する場合でも、ターゲット質量を入力する必要があることがあります(例えば、サンプルリストの Mass A、OpenLynx メソッドの Mass1)

追加情報

MassLynx ヘルプから: MaxEnt アルゴリズムは、最大エントロピー法を使用して、多価イオンのエレクトロスプレースペクトルから真の分子質量スペクトルを生成します。 MaxEnt は、指定した質量範囲内にあること以外の情報なしで、タンパク質混合物の成分の分子量を自動的に検出します。この範囲は広い場合があります(例えば、5 ~ 100 kDa)。解析時間を短縮するために、現在、この手法には予備サーベイラン(分析)が含まれており、粗出力を生成して、存在する成分の概算の質量を検出しています。

 

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