ProMass の質量テーブルでユーザー定義ヌクレオシドの合計式/質量を、修飾オリゴヌクレオチドのシーケンスと一致するように変更する方法 - WKB91954

目的または目標

ProMass でユーザー定義のヌクレオシドの合計式/質量を変更し、修飾オリゴヌクレオチドのシーケンスと一致するようにします。

環境

• MassLynx 4.2
• ProMass for MassLynx 2.0
• ProMass for MassLynx HR

手順

Znova_masses.ini ファイルでは、リン酸結合を 1 つ含むヌクレオチドモノマー残基の中性計算式を使用してヌクレオチド残基の質量を計算し、その計算式から H2O を差し引きます。ProMass は、鎖全体の 5’ または 3’ 末端にリン酸がないと想定しているため、既定では、完全なシーケンスの 3’ および 5’ 末端に OH が残ります。これは、アミノ酸残基の使用方法に似ています。アミノ酸から H2O を差し引くと、残基の質量が得られます。

例えば、A MOE ギャップマーの場合、これは正しいモノアイソトピック質量となります：

#A MOE ギャップマー、C13H18N5O7P

xA = 387.0943842

追加情報

上記の情報は Novatia によって提供されました。