ProteinLynx Global Server はフィルターに適した信頼限界をどのように計算しますか？ - WKB9217

環境

• ProteinLynx Global Server

回答

この原理は、以下の査読済み論文で説明されています。これらの論文は、PLGS を使用して生成された結果を公開する際に、研究者らによって頻繁に引用されています。

ただし、このスコアはハード値ではなく、データに依存します。信頼性レベルを提供するために、確率の種類の計算（概念上 ProteinProphet と類似している）（同じく添付されている）が実施されており、ともに添付されています。信頼性レベル：緑色（95% の確率）、黄色（50 ～ 95% の確率）、赤色（50% 未満の確率）。

Database searching and accounting of multiplexed precursor and product ion spectra from the data independent analysis of simple and complex peptide mixtures（簡単および複雑なペプチド混合物のデータに依存しない分析による、プリカーサーおよびプロダクトイオンの多重スペクトルのデータベース検索および説明）、Li et al、プロテオミクス 2009、9、1696 – 1719。

A Statistical Model for Identifying Proteins by Tandem Mass Spectrometry（タンデム質量分析計を用いたタンパク質同定のための統計モデル）。Nesvizhskii et al、Anal. Chem. 2003、75、4646 – 4658。

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