UNIFIペプチドマップ： 代替のペプチドの候補は、どのような優先順位で表示されますか？ - WKB111306

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回答

代替の割り当てが、はい (True)の場合、代替のペプチドの候補は、どのような優先順位で表示されますか？

あるピークがペプチドとしてアサインされるためには、
まずプリカーサーイオンの質量がそのペプチド（候補配列）と一致する必要があります。
 

許容される質量ずれの閾値は、分析メソッドの「質量によるターゲット」の「ターゲットマッチ許容値」で設定します。

この条件を満たすペプチド（候補配列）が複数あった場合、
そのプロダクトイオンがどの程度b系列、またはy系列としてアサインされるか、
割り当てられた強度（％）の数値、またプリカーサーイオンの質量ずれなどで、
より確からしいと考えられる配列が第一候補として表示されます。

具体的には A.の条件で振り分け、A.の条件が同じ場合、B.の条件で振り分け、B.の条件も同じ場合、C.の条件で・・・という優先順位です。

A.ペプチドの種類
→ニュートラルロス、インソース分解でヒットしたペプチドは、優先順位が低くなります。

B.フラグメントイオンの数
→ヒットした b,y のフラグメントイオンの合計数が多い方が優先されます。

C.修飾の順
→修飾なしでヒットしたペプチドが最優先になり、修飾ペプチド同士では、分析メソッド作成時の修飾の順位が高い順に優先されます。

D.質量ずれ
→質量ずれが小さい順に優先されます。

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