［前側から］または［後ろ側から］の設定で指定された残基に、カスタムアミノ酸修飾が適用されない - WKB118646

症状

• 特定のタンパク質配列内で特定の残基のみが修飾されていることを確認するために、［前側から］および［後ろ側から］の配列でカスタムのアミノ酸修飾を適用しているが、検索結果内の他のアミノ酸に修飾が割り当てられることがある。
  • 例えば、ヒストン H3 の「テール」には 8 つのリシン (K) 残基が含まれており、それぞれがアセチル化されている可能性がある。異なる残基を修飾すると、生物学的影響が異なり、これらのリシンは他の修飾の対象になる場合がある（The Role of Histone Tails in the Nucleosome: A Computational Study, Erler et al., Biophysical Journal, 107, Vol 12, 2014 を参照）。

• K9 に固有のアセチル修飾を定義する場合は、UNIFI サイエンスライブラリーの修飾エディターで、「STG」の前側からの配列および/または「TAR」の後ろ側からの配列を定義できる。
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• 後ろ側からの配列を前側からの配列と組み合わせるか、それ自体を含める例では、修飾エディターに正しく適用されている修飾特異性が表示される可能性はある。ただし、分析メソッドでこれを使用すると、［分析メソッド］の［アミノ酸修飾］セクションで部位特異的修飾を使用する結果の解析には正しく適用されない。
• 前側からの配列のみを含める場合、修飾エディターには正しく適用されている修飾特異性が表示され、メソッドの［アミノ酸修飾］セクションでその部位特異的修飾を使用する分析メソッドからの解析結果にも正しく適用される可能性がある。

環境

• waters_connect 3.2.0
• waters_connect 3.1.0
• UNIFI 3.0.0 を搭載した waters_connect
• UNIFI 2.1.2 を搭載した waters_connect
• UNIFI 1.9.13 を搭載した waters_connect
• UNIFI 1.9_SR4

原因

検索用語が正しく定義されていません。

［前側から］と［後ろ側から］の機能を使用するには、検索定義で非常に特定的な構文を使用する必要があります。そうしないと、適切に機能しません。アミノ酸の配列を入力するだけでは不十分です。残念ながら、その構文は UNIFI ヘルプファイル (UNIFI) または Administration アプリのヘルプファイル (waters_connect) で説明されていません

解決策

前側から

［適用先］残基の後のアミノ酸配列を使用して、その特定の残基で修飾をターゲット付けるには、次の構文を使用します：

(?=pattern) ここで、pattern はアミノ酸の配列です。

例えば、［前側から］を使用して、配列 HAQGTFTSDYSKYLDEKRAKEFVQWLMNTC の位置 20 の K にのみ定義された修飾を適用するには、(?=EFV) を使用して、K(?=EFV) を検索します（つまり、後に EFV が続く場合にのみ、K に修飾を適用します）。

後ろ側から

［適用先］残基の前にアミノ酸の配列を使用して、特定の残基で修飾をターゲット付けるには、次の構文を使用します：

(?<=pattern) ここで、pattern はアミノ酸の配列です。

例えば、［後ろ側から］を使用して、配列 HAQGTFTSDYSKYLDEKRAKEFVQWLMNTC の位置 20 の K に定義された修飾を適用するには、(?<=KRA) を使用して、(?<=KRA)K を検索します（前に KRA がある場合にのみ、K に修飾を適用します）。

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