インベスティゲイトでデコンボリューションしたフラグメントのスペクトルと、レビューのフラグメンテーションビューアのスペクトルが異なる - WKB99805

環境

• UNIFI
• ペプチドマッピング

回答

［フラグメンテーションビューア］のスペクトルは、以下の工程を経て表示されます。

まず、Function1 の（コリジョン電圧が）低エネルギーのデータ、Function2 の（コリジョン電圧が）高エネルギーのデータ それぞれで、ピーク検出を行います。

m/z 軸、保持時間軸、強度の 3 次元データで、立体的な山のような形のピークが検出されていればピークとして検出されます。

移動相由来の不純物のように、長時間にわたって検出され続けているようなピークは、ピークとは認識されません。

また、どのくらい強度が低いピークまで検出するかについては、分析メソッドの次の設定が閾値になります：

解析タブ > 3D ピーク検索 > （高エネルギー/低エネルギーの）強度スレッシュホールド

インベスティゲイト画面でスペクトルを積算した場合、上記のように長時間にわたって検出され続けているピークや強度が低いピークも積算されます。

 

次に、保持時間が一致しているプリカーサーイオンピーク (Function1) とプロダクトイオンピーク (Function2) の紐付け、及び MaxEnt3 によるデコンボリューションを行います。
この際、分析メソッドの次の設定が使用されます。

解析タブ > 3D 同位体クラスタリング > クラスター作成時と高エネルギーから低エネルギーまでの関連付け時

同位体イオンどうしの関係にあるスペクトルピークをまとめる際の保持時間のずれの許容値、及び、プリカーサーイオンとプロダクトイオンを紐づける際の保持時間のずれの許容値の設定です。

クロマトグラムピークの半値幅に対しての分率で設定します。

 

解析タブ > 3D 同位体クラスタリング > 高エネルギーから低エネルギーまでの関連づけ時に
プリカーサーイオンとプロダクトイオンを紐づける際の対象となるピーク強度の閾値を設定します。

インベスティゲイト画面でフラグメントイオンのスペクトルを積算した場合、保持時間が近いプリカーサーイオン由来のフラグメントイオンが混ざったスペクトルになります。

また、強度が弱いピークもすべて表示されます。

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