CONFIRM Sequence アプリがホスホロチオエート配列の解析に失敗する - WKB305263

症状

• ホスホロチオエート結合オリゴヌクレオチド配列を分析で使用すると、CONFIRM Sequence はデータ解析に失敗する
• ホスホジエステル結合のオリゴヌクレオチド配列を使用した場合も、同じデータを解析できます

環境

• waters_connect 3.6.0
• waters_connect 3.7.0
• CONFIRM Sequence 1.4.0

原因

Confirm Sequence 1.4.0 と waters_connect ベースキット 3.6.0 および 3.7.0 の間に互換性がありません

ホスホロチオエートモノマーの ID にはアスタリスク (*) が含まれています。waters_connect 3.6.0 および 3.7.0 で使用されているプラットフォームサービスのバージョンは、Confirm Sequence の［モノマー ID］フィールドにアスタリスク (*) の存在を受け入れないため、解析は失敗します。

解決策

waters_connect 4.0.0 へのインプレースアップグレードを実行します。

注：この問題はベースキットの機能に起因するため、waters_connect 3.7.0 とともにインストールされた場合にホスホロチオエート配列の解析に失敗する同じバージョンの Confirm Sequence は、waters_connect 4.0.0 とともにインストールされた場合にホスホロチオエート配列を正常に解析します。

追加情報

この問題は、リストされているバージョンの waters_connect ベースキットのみに影響します。この問題は、waters_connect 3.2.0 では発生せず、waters_connect 4.0.0 で修正されました。

ホスホロチオエートモノマーの代替セットを手動で作成することによって、影響を受けるバージョンの問題を回避することもできます。

1. Synthetic Library アプリを開きます。
2. モノマーライブラリーを開きます。
3. 各ホスホロチオエートモノマー（つまり、ID フィールドに * が付いているもの）について：
   1. モノマーを複製します。
   2. ［ID］フィールドを英数字のみを含むように編集します。例：デオキシアデノシンチオリン酸の場合、ID を「dA*」から「dAs」に変更します。
   3. 複製し、編集したモノマーを保存します。
4. オリゴヌクレオチド配列ライブラリーを開きます。
5. ホスホロチオエートモノマーを含む各配列を編集して、アスタリスクを含む配列をステップ 3 で作成した配列に置き換えます。
6. mRNA ライブラリーを開きます。
7. ホスホロチオエートモノマーを含む各配列を編集して、アスタリスクを含む配列をステップ 3 で作成した配列に置き換えます。

お客様が回避策を使用して waters_connect 4.0.0 にアップグレードした場合は、自身が作成した代替のホスホロチオエートモノマーを引き続き使用するか、Confirm Sequence 1.4.0 を使用してインストールされた既定のホスホロチオエートモノマーを使用することができます。

waters_connect 3.6.0 および 3.7.0 の問題は、CRI-8171 として記録されました。