スペクトル画面のヘッダーにある MSMS 設定質量がピーク質量と一致しないのはなぜですか？ - WKB28313

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環境

回答

MSMS、Tof-MRM MS メソッド、または「含める」リストが含まれている DDA メソッドを使用してデータを取り込む場合、MassLynx スペクトル画面に戻してデータを表示すると、四重極設定質量がメソッドで指定された質量とわずかに異なることがあります。

同様に、DDA 分析で、MS サーベイ取り込みから指示されたように、特定の四重極設定質量を実行するよう装置が指示された場合、サーベイスキャンの質量と結果の MSMS スペクトルヘッダーの質量が異なることがあります。

MSMS/DDA 切り替え実験を実行する場合、得られた生ファイル内の［Spectrum］（スペクトル）ヘッダー、または［Spectrum］（スペクトル） > ［SpectrumQTOF］ > ［SetMass］（設定質量）で報告された通りに記録された設定質量は、MS メソッドで設定された値およびピーク注釈に示された質量とは異なります。

SYNAPT G2-Si で得られた MSMS データの例：

Xevo G2-XS QTof で得られた DDA データの例

これは、キャリブレーションが読み込まれることに関連しているようです。uncal.cal が読み込まれる場合、リードバックの問題は見られません。

これは、MassLynx がスペクトルヘッダーの設定質量を報告する方法が原因です。取り込み中に四重極によって適用された設定質量は正しいですが、スペクトルヘッダーで報告された質量にキャリブレーションが正しく適用されていません。このバグは Waters のソフトウェア開発者によって調査されましたが、他の問題を引き起こさずに解決することは不可能でした。

MassLynx ヘッダーに記録された設定質量は、四重極の Electronics に送信される値であり、指定された質量を除くすべてのものが、MSMS 分析のためにコリジョンセルおよび飛行時間型検出器に渡されていることから除外できるようにすることを、覚えておくことが重要です。これは、実測された正確なプリカーサーイオン質量（小数点以下 4 桁まで）とは異なります。これは、MSMS へのスイッチをトリガーしてコリジョンセルと飛行時間型検出器に渡されるイオンだけが、高精度である必要がないためでもあります。

追加情報

これは、影響を受ける装置のデータの UNIFI 1.9.4 後解析にも悪影響を及ぼします。記事 28317 を参照してください。

MassLynx DDA データが UNIFI 1.9.13 で waters_connect にインポートされると、親イオンの質量はヘッダーファイルから読み込まれるのではなく、データから算出されます。そのため、UNIFI 1.9.13 は MassLynx DDA データのこの異常の影響を受けません