UNIFI では、Br 原子を含むペプチドピークの MaxEnt3 解析はどのように機能しますか？ - WKB23262

環境

• UNIFI 1.8.2

回答

Maxent3 は多価イオンを探して、それらを 1 価のニュートラル質量に変換します。臭素 (Br) を含むペプチドでは、重複する炭素同位体シリーズ（79Br に 1 つと 81Br に 1 つ）があり、状況がより複雑になります。通常、一連の最初の同位体は C12ピークであり、Maxent3 は、それをイオンシリーズの開始として探し、そこからデコンボリューション計算を実行できます。臭素を含むペプチドでは、81Br/12Cピークと 79Br/14Cピークは同じ質量です。例えば：

440.62 = 79Br/12C
441.87 = 79Br/13C
441.12 = 79Br/14C、および 81Br/12C
441.3722 = 81Br/13C
441.622 = 81Br/14C

これは、グループの 3 番目のピーク（81Br 同位体シリーズの開始）が最も強い可能性があることを意味します。

Maxent は、最も強度が高いピークが 12C（モノアイソトピック）ピークであることに基づいてデコンボリューションを行うため、441.1896 (4+) および 587.9114 (3+) で始まる 81Br イオンシリーズのみを誤って使用する可能性があります。

81Br からの余分な 2Da をペプチド配列の予想質量に含めることで、実測デコンボリューション済み質量をターゲット成分の予想質量に一致させることができます。既存のアミノ酸の側チェーンに臭素が付加されている場合、式「81Br」で修飾されたアミノ酸を定義してから、修飾を適用するアミノ酸を選択することで、検索メソッドにこれを組み込むことができます。Br を含むペプチドがペプチドに組み込まれた非標準アミノ酸である場合、サイエンスライブラリーでカスタムアミノ酸を定義し、計算式で [81Br] を使用して重臭素同位体を指定する必要があります（例えば C6H14N2O2[81Br]）。

または、場合によっては、UNIFI に 79Br ピークと 81BR ピークの両方を個別の成分として認識させることができる場合があります。これを行うには、アミノ酸ライブラリー内で 81Br 標識合成アミノ酸をセットアップしてから、カスタムアミノ酸の 81Br バージョンを含む 2 番目のターゲット配列を作成します。次に、解析パラメーターをセットアップするときに、ターゲット配列（79Br および 81Br バージョン）を定義し、3D ピーク検出設定で、クロマトグラフィーピーク幅を Manually specified peak width = 0.03 minutes（手動で指定したピーク幅 = 0.03 分）に設定します。

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