Progenesis QI Proteomics および ProteinLynx Global Server が同じ MSe データから異なる ID を与える - WKB29713

症状

• PLGS3.0.3 および Progenesis QI Proteomics v3 または v4 で、同じデータを同じ解析パラメーターで解析すると、タンパク質の同定結果が異なる
• すべての解析パラメーター（Apex3D の低エネルギーおよび高エネルギーのしきい値、ロックマスなど）が同一であることを確認した
• すべての検索パラメーターが同一（同じ fasta ファイル、消化試薬、ペプチドおよびフラグメントの質量許容値、許容できる修飾、許容できるミスクリーベージ）

環境

• PLGS3.0.3
• Progenesis QI for Proteomics v3 または v4

注：PLGS3.0.3 と Progenesis QI for Proteomics v4 を比較する場合は、記事 13412 に記載されている Peptide3D 修飾が PLGS3.0.3 に適用されていることを確認してください。この修飾は、Progenesis QI for Proteomics v4 で既定で実装されており、同定されたタンパク質に影響する可能性があります。

原因

解析された保持時間ウィンドウの違い

Progenesis QIp で MSe 実験を設定するとき、保持時間の範囲を指定する必要がある場所が 2 か所あります。MSe ID 検索では、MSe データインポートウィザードで保持時間ウィンドウを定義する必要があります。Progenesis 差エンジンでは、Automatic Processing（自動解析）ウィザードで保持時間ウィンドウを定義します。これらのうち 2 番目しか定義していない場合、Automatic Processing（自動解析）ウィザードで定義された保持時間ウィンドウは、タンパク質の同定に使用される MSe ピーク解析に適用されません。これは、すべてのデータが Apex3D および Peptide3D によって解析され、iadbs 検索で使用されることを意味するため、Progenesis QIp での検索は、PLGS で使用されるのと同じデータサブセットで実行されていません。ただし、Automatic Processing（自動解析）の RT 範囲は、定量に使用するデータに正しく適用されます。

解決策

PLGS 解析パラメーターで使用したのと同じ保持時間ウィンドウを使用して、Progenesis QIp でデータを再解析します。

1. Progenesis QI for Proteomics の Identify proteins（タンパク質の同定）タブに移動します。
2. ペプチド同定メソッドとして Ion Accounting（イオンアカウンティング）が選択されていることを確認します。
3. Change Apex3D Parameters（Apex3D パラメーターの変更）ボタンをクリックします。
4. これにより、Apex3D parameters（Apex3D パラメーター）ウィザードが開きます。PLGS の Processing parameters（解析パラメーター）とはほぼ同じです。Threshold（しきい値）の値が PLGS で使用されるものと同じであることを確認します。
5. Elution limits（溶出限界）タブを選択し、PLGS の解析パラメーターで設定したのと同じ保持時間ウィンドウを設定します。
6. ［OK］をクリックして、データを再解析します。注：データの再解析中は、進行状況バーは表示されません。Apex3D および Peptide3D の解析は、Windows の［タスクマネージャー］でモニターできます。これには長い時間がかかることがあります。
7. Apex3D および Peptide3D が分析のすべてのサンプルに対して完了したら、Search for Identifications（同定の検索）ボタンをクリックして、定義した保持時間ウィンドウのデータに対して、検索ステップ（PLGS ワークフローと同等）を繰り返します。

追加情報

同種と比較していることを確認するには、正しいバージョンの PLGS および Progenesis QI for Proteomics を使用する必要があります。そうしないと、使用される解析可能ファイルのバージョンが異なります。解析可能ファイルに関しては：

Progenesis QIp v4 = PLGS3.0.3（WKB13412 に記載されている Peptide3D 修飾付き）

Progenesis QIp v3 = 未修飾の PLGS3.0.3

MSe 解析可能ファイルが「ロールバックされた」Progenesis QIp v3 = PLGS3.0.2

Progenesis QIp v2 = PLGS 3.0.2