Peptide3D MSe 解析が ProteinLynx Global Server (PLGS) 3.0.3 でハングアップアップする - WKB3426

症状

• 解析 MSe は、多くの場合ピークマッチングステップ中にハングアップする
• PC にインストールされている RAM の量とは無関係に、メモリー消費量が 100% まで増加する
• Windows のタスクマネージャにより、利用可能な RAM の大部分が peptide3D.exe というプロセスで消費されていることが示される

環境

• PLGS 3.0.3
• MSe、HD-MSe、または UD-MSe データ解析

原因

MSe スペクトル解析パラメーターの Apex3d しきい値は、データに対して低すぎる可能性があります。これは、実行可能な Apex3D によって多くのノイズピークが検出されていることを意味します。このノイズは実行可能な peptide3D に渡され、これによって、ノイズを処理しようとするときにシステム RAM に過負荷が発生し、ハングアップを引き起こします。

この問題は通常、顧客が自身の特定のデータセットに適切なパラメーターを導出するのではなく、デフォルトの MSe 解析メソッドを使用してデータを解析しようとするときに、発生します。

解決策

1. PLGS のすべての解析ジョブを停止します。
2. Windows タスクマネージャを使用して、実行可能な peptide3D または実行可能な Apex3D を停止します。
3. PLGS で、より高い Apex3D 低エネルギーと増加されたエネルギーしきい値を使用して、新しい MSe 解析メソッドを作成します。
   • 理想的には、各データセットの Apex3D 低エネルギーおよび増加されたしきい値を最適化する必要があります。これは、これによって最大数の同定が得られるからです。
   • PLGS Threshold Inspector は、Apex3D のしきい値を半自動で最適化するための便利なフリーウェアツールです。
4. PLGS Threshold Inspector で特定される最適な Apex3D パラメーターが、解析のハングアップが発生したときに使用されたパラメーターより低い場合、問題は単に Apex3D のしきい値だけではありません。GSS にお問い合わせください。
5. PLGS Threshold Inspector によって特定された最適な Apex3D しきい値が、解析ハングアップ発生時に使用されたしきい値より高い場合は、これらのしきい値を使用して問題のデータファイルの再解析を試行します。
6. 最適化された Apex3D しきい値パラメーターによって問題のファイルを解析できる場合は、その新しい MSe 解析メソッドでデータセット全体を再解析します。
7. 最適化されたしきい値を使用して解析が再度ハングアップする場合、または最適化されたしきい値で問題のファイルを解析できない場合は、記事 13412 に記載されている解決策を適用します。

追加情報

PLGS とともにインストールされたデフォルトの MSe 解析メソッドで使用される Apex3D しきい値は、Waters が指定するサンプルによるシステムスータビリティテストに合格するためにのみ、適しています。その他のデータには最適ではなく、多くの場合、データに完全に不適切な場合があります。

PLGS Threshold Inspector のインストールおよび使用の詳細が必要な場合は、GSS にお問い合わせください。

異なるデータセットを分析するたびに、記事 13412 の修正が適用されているかとは無関係に、Apex3D のしきい値を再最適化する必要がある可能性に、注意してください。

同じ問題が Progenesis QI Proteomics バージョン 3 に影響します。ただし、Proteomics v4 の Progenesis QI はこの問題の影響を受けません。